
Der heutige Ort entstand im Schutz der westlich von ihm gelegenen Burg Rotenburg, die um 1195 von Bischof Rudolf von Verden (1189–1205) als sein Amtssitz und als Bollwerk gegen die nahe gelegene Burg Ottersberg des Erzbischofs von Bremen gegründet worden war.
Nach dem Zweiten Weltkrieg wuchs die nun zum Bundesland Niedersachsen gehörende und zu über 90 Prozent evangelische Stadt durch die Ansiedlung vieler Heimatvertriebener vor allem aus Schlesien und Ostpreußen stark an, darunter auch eine große Zahl Katholiken, welche 1961 in der Corpus-Christi-Kirche ein neues Kirchengebäude bezogen. Weitere Neubürger zogen in Verbindung mit der örtlichen Garnison oder dem Diakoniekrankenhaus zu. Rotenburg verlor den ursprünglichen Charakter einer Ackerbürgerstadt. Zahlreiche Neubaugebiete und Schulbauten waren die Folge. Am 16. Mai 1969 wechselten Stadt und Landkreis ihren Namen von Rotenburg in Hannover in Rotenburg (Wümme). 1977 blieb die Stadt im Rahmen der Kreisgebietsreform Sitz der Kreisverwaltung eines vergrößerten Landkreises Rotenburg.
Rotenburg war während der Fußball-Weltmeisterschaft der Männer 2006 Gastgeber der Nationalmannschaft von Trinidad und Tobago.
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